SENSE1, SENSE2は 0.27Ωで接地

ただしREF端子はOpenとなっている。

またMS3がV表示となっていてステップ数がおかしなことになりそうです。
基板パターン自体は素直にMS3のピンと接続されています。11

VREFは、基板足でいうMS3に接続されています

そしてチップとしてのMS3はグランドに落とされていました。

設計の意図するところはRefを基板ベース側から与えてドライバー基板を交換した際に調整不要にするということですね。